按照《中华人民共和国湿地保护法》第十三条规定，国家实行湿地面积总量管控制度，将湿地面积总量管控目标纳入湿地保护目标责任制。
国务院林业草原、自然资源主管部门会同国务院有关部门根据全国湿地资源状况，自然变化情况和湿地面积总量管控要求，确定全国和各省、自治区、直辖市湿地面积总量控制目标，报国务院批准，地方各级人民政府应当采取有效措施，落实湿地面积总量控制目标的要求。
根据以上规定建立肇州县湿地保护“十四五”湿地保护总量控制制度，保证本规划期湿地总面积不小于10217.14hm2，湿地保护率不低于5.33%，并将湿地面积总量管控目标纳入湿地保护目标责任制。
4.1.2健全完善肇州县湿地分级管理体系
国家对湿地实行分级管理、按照生态区位、面积以及维护生态功能、生物多样性的重要程度，将湿地分为重要湿地和一般湿地。重要湿地包括国家重要湿地和省级重要湿地，重要湿地以为外一般湿地。重要湿地依法划入生态保护红线。
肇州县湿地保护现状是，全县只有一个县级自然保护区，没有满足划入重要湿地的湿地资源，因此湿地名录中的湿地保护分级均划入一般湿地。
4.1.3 建立湿地保协作和信息通报机制
建立县长总体负责，协调管理各有关湿地保护管理部门共同完成肇州县湿地保护管理工作的组织协调管理机制。县林业和草原局负责湿地资源的监督管理、负责湿地保护规划的拟定、湿地开发利用的监督管理、湿地生态保护修复工作，县自然资源、水行政、住房城乡建设、生态环境、农业农村等其他有关部门，按照职责分工承担湿地保护、修复、管理有关工作。
县林业和草原局主管部门会同县自然资源、水行政、住房城乡建设、生态环境、农业农村等主管部门实行湿地保护协作和信息通报机制。
4.1.4 完善湿地保护管理专门机构
进一步完善湿地保护管理的专门机构，配置专职的管理和专业技术人员，负责湿地保护管理的规划、指导、协调、监督工作。在湿地保护区设置管理站，配置专门人员使用专门经费，开展日常管理、动态监测评估和生态预警等工作，全面贯彻国家、省湿地保护法律法规，完善湿地主管部门组织协调与相关部门分工合作的管理机制，保护和最大限度地发挥湿地生态系统的各种功能与效益，保持湿地资源的可持续利用，达到优化湿地管理的目的。
4.1.5 湿地保护基础设施设备
办公设备、巡护设施设备、防火设施设备更新及完善，监测设施设备、简易实验室、便携仪器设备、科研档案管理设施设备等建设、更新和完善。在自然保护区设立防火物资储备仓库，做到防火物资储备到位。
4.1.6 法制建设
依据《中华人民共和国湿地保护法》落实湿地保护区的湿地资源管理、湿地保护与利用、湿地修复等相关法律责任，并建立监督检查制度。根据国务院办公厅印发的《湿地保护修复制度方案》提出的明确任务目标，即“实行湿地面积总量管控，严格湿地用途监管，确保湿地面积不减少，增强湿地生态功能，维护湿地生物多样性，全面提升湿地保护与修复水平”，在保证全县湿地面积不减少的同时，增加湿地恢复面积和保护率。针对湿地保护管理中遇到的具体问题，按照国家有关法律法规，完善地方湿地保护法规及政策要求。
(1)湿地生态效益补偿制度
对湿地生态补偿的对象、标准、方式方法等进行综合研究，探索利用补偿经费开展保护与恢复湿地的日常维护与管理，实现长效管理，确保最大限度发挥湿地的环境、生态价值和功能。例如，因鸟类等野生动物觅食、踩踏、栖息造成农作物受损或减产;因土地承包经营权人根据湿地保护管理需要，在项目实施主体指导下采取绿色生产方式导致其生产经营承包费增加;因湿地保护需要而进行土地使用权流转产生的费用等方面补偿。
(2)湿地开发利用监督制度
实施湿地开发项目的环境影响评价及监督。严格执行生态环境影响评价与审批制度，使开发项目对湿地及生物多样性的影响减小到最低限度。
(3)湿地保护成效奖惩制度
肇州县人民政府对本行政区域内湿地保护负总责，县委县政府主要领导成员承担主要责任，其他有关领导成员在职责范围内承担相应责任，要将湿地面积、湿地保护率、湿地生态状况等保护成效指标纳入本地区生态文明建设目标评价考核等制度体系，建立健全奖励机制和终身追责机制。
(4)湿地用途监管机制
完善涉及湿地相关资源的用途管理制度，合理设立湿地相关资源利用的强度和时限，避免对湿地生态要素、生态过程、生态服务功能等方面造成破坏。进一步加强对取水、污染物排放、野生动植物资源利用、挖砂、取土、开矿、引进外来物种和涉外科学考察等活动的管理。按照主体功能定位确定各类湿地功能，实施负面清单管理，依法查处违法占用、破坏湿地资源等行为。
4.1.7湿地保护宣传体系建设
(一) 科普宣教团队建设
宣传和贯彻执行湿地资源管理和生态环境保护方面的法律、法规和规章。组建专业队伍，进行宣传和贯彻执行湿地资源管理和生态环境保护方面的政策、方法。广泛开展湿地保护与合理利用宣传教育，除了针对城市人群开展宣传教育外，与湿地和野生动植物保护、利用直接存在利益关系的大量农村人口，更需要获得保护与合理利用湿地的知识，更需要掌握湿地合理利用的技能，因此，要将宣传教育的目标群体逐步从城市转向农村，把湿地保护与合理利用知识传授到每家每户。